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NGSサンプル調製

自動ライブラリ調製、品質管理およびプーリング

1週間に数サンプルから、1日に数百サンプルまで、NGSサンプル調製の自動化で、信頼性の高い次世代シーケンシング用の高品質ライブラリを再現性高く作製できます。

Fluent limited offer - click here!




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Tab 01 / HTP NGSサンプル調製
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DreamPrep™ NGS

Walkaway automation solution for NGS library prep

DreamPrep NGSは、NGSライブラリ調製のワークフローからQCにおける工程について完全に最適化されたソリューションです。 手作業による作業を最小限に抑え、時間を節約し、幅広いアプリケーションに一貫性のあるNGSライブラリを提供します。

無料ウェビナーの視聴はこちらから

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DreamPrep NGSは、Fluent® Automation Workstation、Infinite® F Nano +プレートリーダー、およびTecanライブラリー調製キットを組み合わせて、前例のない速度と精度でNGSライブラリーを提供します。 この画期的なアプローチにより、NGSライブラリの準備、定量、ノーマライゼーション、およびプーリングが1つの自動ワークフローで提供されます.

Tecanの革新的なNuQuant®ライブラリ定量メソッドは、統合されたInfiniteリーダーを使用して、サンプルを失うことなく完全に自動化されたQCを6分以内で可能にし、低速およびコストのかかるqPCRやキャピラリー電気泳動によるQCは必要ありません。

各々のDreamPrepNGSワークステーションには、シーケンス不要な配列をAnyDeplete™を使用して転写産物の枯渇化させるなど、Tecan試薬キットのメソッド例*が付属しています。

システムのハイライト

  • DNA-Seqライブラリー調製、ノーマライゼーション、シーケンスの準備まで4時間以内で完了
  • mRNA-Seqライブラリー調製から、ライブラリー定量まで9時間で完了
  • サンプルを失うことなく、完全なライブラリQCを6分以内で完了
  • DNA-Seqで追加するだけのワークフロー、およびRNA-Seqの最小限の介入
  • 自動化、試薬、消耗品、アプリケーションサポートなど全てテカンのヘルプセンターがサポート
  • ニーズに合わせてカスタマイズできる直感的なタッチスクリーンベースのユーザーインターフェイス

 

*サンプルメソッドは検証されていません。これらのメソッドのコピーを作成してカスタマイズを行い,使用目的とラボのプロトコルに従ってワークフローを検証してください。Tecanは、サンプルメソッドのパフォーマンスに関して何の主張もしません。

 

テクノロジーの急速な進歩により、NGSによる遺伝子解析は信頼性が高くシンプルなオプションになりましたが、ライブラリー調製はハイスループットアプリケーションにとって依然として課題となっています。 Fluentプラットフォームの速度、精度により、NGSライブラリの調製に最適であり、プロセスのばらつきを減らし、オペレーター間および時間的な再現性を高めることができます。システムの3つの独立したタスク固有のアームは並行して動作し、高速で効率的な処理を提供します。内蔵のタッチスクリーンインターフェースは、ユーザーを日常のタスクにガイドし、簡単な操作のためにラボやワークフローのニーズに合わせて簡単にカスタマイズできます。統合されたユーザー管理およびメソッド承認機能とともに、これにより安全なプロトコルと最適なパフォーマンスが保証されます。

On-deck thrmocycling for longer walkaway runs

Integrated plate reader for QC without sample loss

Magnetic separation for bead clean-ups

Intuition built right in

Simply faster and more precise

Save reagents and samples

Prevent unauthorized changes to validated protocols with the Method Approval function

Enhanced productivity with Tecan consumables




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Tab 02 / 検証済NGSプロトコル
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Tecan NGS library prep reagents for Illumina sequencing

テカンは、幅広いサンプルタイプ向けに独自のNGSライブラリー調製試薬を開発および最適化しました。

これらの試薬は、サンプルから容易にノーマライズされたライブラリーにいたるまで、完全なソリューションを提供するために自動化プラットフォームで検証されています。

 

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Universal Plus™ mRNA-Seq

Universal Plus mRNA-Seqライブラリー調製キットは、幅広いインプット量に対応した転写産物における解析のための堅牢なエンドツーエンドのワークフローを備えています。 Universal Plus mRNAライブラリーは、Fluent® Automation Workstationで9時間未満でライブラリーの作製、定量化、ノーマライゼーション、プーリングができます。これに対して、他のキットは、手動または自動化によるライブラリーの作製からqPCRによる定量まで14時間以上かかります。

Key features of this mRNA-Seq library preparation kit include:

  • Broad dynamic input range from 10 ng to 1 µg
  • DimerFree® technology eliminates adaptor dimers
  • NuQuant® library quantification method integrated at no additional cost to accurately quantify library concentrations (in nM)
  • Integrated AnyDeplete® technology aids the removal of unwanted transcripts post library preparation, to maximize informative sequencing reads
  • Available with up to 192 unique dual index (UDI) adaptors for increased multiplexing

Trio RNA-Seq™

Trio RNA-Seqは、3つのコアテクノロジーを組み合わせて、希少な転写産物や微量の病原体を捕捉する、完全に合理化されたライブラリー調製ソリューションを提供します。Trioの実績のある増幅技術(Single primer isothermal amplification,、SPIA®)は、標準のRNA-Seqワークフローと比較して、ライブラリー分子をより多く生成し、限られたサンプルから貴重な生物学的情報を保存します。

Key features of this RNA-Seq library preparation kit include:

  • RNA sequencing solution ideal for liquid biopsy, FFPE, nasal swabs, and other challenging samples with low or degraded inputs
  • Broad dynamic input range from 500 pg to 50 ng
  • DimerFree® technology eliminates adaptor dimers
  • Maximize informative sequencing reads by removing unwanted transcripts post library preparation with AnyDeplete®

Celero™ EZ DNA-Seq

Celero EZ DNA-Seqライブラリー調製キットは、ライブラリー増幅までシングルチューブ内で反応でき、ライブラリー増幅後1回のみのビーズ精製ステップによるシンプルなのワークフローです。 Celero DNAライブラリーは、Fluent® Automation Workstationで4時間以内に準備、定量化、ノーマライゼーション、プーリングできます。

Key highlights of this DNA-Seq library preparation kit include:

  • Broad dynamic input range from 10 to 500 ng
  • Addition only, three-step workflow
  • Robust optimization-free enzymatic fragmentation
  • DimerFree® technology eliminates adaptor dimers
  • NuQuant®* library quantification method integrated at no additional cost, to accurately quantify library concentrations (in nM)
  • Available with 384 UDI adaptors for increased multiplexing

*NuQuant technology available with Plate A (92 UDI indexes) only. 

Ovation® Ultralow System V2

vation Ultralow System V2は、超微量DNAからDNA-Seqライブラリー調製が可能なキットです。 このキットには、独自のDimerFree®テクノロジーが含まれており、不要なアダプターダイマーを排除して、シーケンスデータからより高い解像度での解析結果が得られます。 Ultralow V2 DNAライブラリーは、Fluent® Automation Workstationで3時間以内に準備できます。

Key features include:

  • DNA sequencing solution ideal for cell lines including fresh or FFPE tissue, liquid biopsy, cell-free RNA and ultra-low input RNA samples
  • Ultra-low input range from 10 pg to 100 ng
  • DimerFree technology eliminates adaptor dimers

Allegro® Targeted Genotyping V2

Allegro Targeted Genotypingは、NGSによる多種多様な生物のターゲットシーケンシングを高速でスケーラブルなコストパフォーマンスが高い実験を可能にします。 Allegroは、独自技術のSingle Primer Enrichment Technology(SPET)メソッドにより、ゲノムの特定領域を濃縮し、オンターゲットシーケンスのリードごとにSNPまたは遺伝子型固有のデータポイントをキャプチャすることで、情報量の多いシーケンスデータを提供します。 その結果、比類のないシーケンス効率を実現し、迅速なスケーラビリティとデータポイントあたりのコスト最小化につながります。

Key features

  • Input range from 10 to 100 ng
  • Simple, single-tube assay that can be completed in less than 24 hours
  • Hundreds of barcodes and increased multiplexing enable cost-saving interrogation of SNPs
  • Ability to design panels for any sequenced genome
  • High throughput multiplexing options with 3072 Metaplex® barcodes

Illumina qualified protocols

Tecanは、主要研究センターおよびIlluminaと共同して、NGS用サンプル調製プロトコルの自動化の開発と最適化を行っています。あらゆるラボでプロトコルが確実に行われるように検証を行っています。

 

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TruSeq Nano DNA

TruSeq Nano DNAサンプル調製キットは、利用可能なDNAの量が限定されたサンプルの効果的な調査を可能にします。Freedom EVO® NGSワークステーション上のこのキット自動ワークフローは、シンプルなビーズ式のサイズ選択を含み、48までのサンプルを最小限の実作業時間で1日かからずに完了できます。

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TruSeq PCR Free

TruSeq DNA PCRフリーサンプル調製キットは、DNAサンプル調査で時間を削減します。ユーザーにとって使いやすいTouchTools™インターフェースは、自動設定から再現性が高く、1回での読み取り用にすぐにシーケンシングを実施できるDNAライブラリ、ペアエンドおよびインデックス付加済みシーケンシングまで、最小限のユーザーによる介入でオペレーターを導きます。

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Nextera XT

Nextera XT DNAライブラリ調製キットは、わずか1 ngからのDNAインプットのために最適化されたプロトコルを使用して、PCR amplicons、プラスミドおよびサイズの小さいゲノムから高品質のライブラリを効果的に構成できます。

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TruSeq Stranded mRNA

RNAシーケンシング(RNA-Seq)は、RNA転写を探知、プロファイリングおよび定量する強力な方法です。Illumina次世代シーケンシングテクノロジーを利用して、鎖遺伝子情報が特定のRNA転写が由来するDNA鎖を特定し、転写アノテーションへの信頼性を高め、アンチセンス制御に視認性を提供します。

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TruSeq Stranded Total RNA

Freedom EVO NGSワークステーション上でのIllumina TruSeq Stranded Total RNAプロトコルの自動化は、最小限のユーザーによる介入で総RNAを既知の鎖開始点のテンプレート分子のライブラリに変換可能にします。Freedom EVO NGSワークステーションは、最小限のクロスコンタミネーションリスクで高品質のライブラリを実現します。

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TruSeq RNA Access

TruSeq RNA Accessライブラリ調製プロトコルは、アーカイブ用ホルマリン固定パラフィン包埋(FFPE)組織サンプルの費用効果の高いシーケンシングに最適なソリューションです。統合型濃縮ステップは、DNAの低濃度での開始に対応し、自動化ワークフローは並列で48までのライブラリを構築すると共に、限られたユーザーによる介入と最小限のクロスコンタミネーションのリスクで高品質のライブラリを生成します。

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Nextera Rapid Capture

Nextera Rapid CaptureプロトコルとFreedom EVO NGSワークステーションの組み合わせによる自動化しやすいワークフローは、ライブラリ調製とエクソーム濃縮のための高速で効率の良いソリューションを提供します。自動化されたNextera Rapid Capture Exomeプロトコルの使用により、サンプル調製は最小限の実作業時間でわずか1日半で完了でき、翌日にはシーケンシングデータの結果を生成します。

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TruSight® HLA v2.0 Sequencing Panel

血清型分析などの従来のテクニックと比較して、組織ドナーおよびレシピエントのHLAプロファイルの測定に優れているため、HLA遺伝子シーケンシングへの関心が高まっています。

Illumina TruSight HLA v2.0 Sequencing Panelは、HLAプロファイリング用のNGSライブラリを生成するために設計された信頼性が高くシンプルなアッセイです。Freedom EVO NGSワークステーション上でのワークフローの自動化は、24までのサンプルの11のHLA遺伝子座のシーケンシングを実現し、ライブラリ調製中のクロスコンタミネーションとヒューマンエラーのリスクを最小化します。

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TruSeq ® Custom Amplicon Low Input

Ampliconシーケンシングは、特定のゲノム領域における変異の同定および分析用のターゲット法です。PCR製品のシーケンシングは、費用効果の高い変異型の同定とキャラクタリゼーションを提供します。Freedom EVO NGSワークステーション上でのTruSeq Custom Amplicon Low Inputライブラリ調製ワークフローの自動化は、高速で効率的なソリューションを提供します。この設定により、わずか10 ngのゲノムDNAといったlow inputサンプルから高品質のライブラリを生成することができます。

Verified for Illumina sequencing

Tecanは、シーケンシング結果の分析に集中する時間を持てるよう、NGSサンプル調製キットのベンダーと共同でNGSサンプル調製プロトコルを開発、検査およびシーケンシング検証しました。

 

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NEBNext Ultra II Directional RNA

Illumina用NEBNext Ultra II Directional RNAライブラリ調製キットは、「dUTP」を使用して優れたリカバリー率を確保し、低品質のRNAからでさえ高品質のDirectionalライブラリを生成します。poly(A) mRNA濃縮には10 ng~1 µgのtotal RNA、rRNA除去には5 ng~1 µgと、幅広いインプット材料から96までのライブラリが同時に調製できます。

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NEBNext Ultra II DNA

NEBNext Ultra II DNAライブラリ調製ワークフローは、エンドリペアとdAテーリングステップを最小限のクリーンアップと組み合わせ、サンプル調製時間を削減します。Illumina用NEBNext Multiplex Oligosでは、たとえば、1回の運転で96までのライブラリを調製できます。

このプロトコルにより、多様な500 pg~1 μgのインプットDNA濃度とFFPEサンプルからの再現性の高いライブラリ調製を可能にし, 最小限のユーザーによる介入で1~96サンプルの柔軟な処理を実現します。

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SureSelect XT Target Enrichment

AgilentのSureSelect XT Target Enrichment Systemは、ヒトおよびその他の種用エクソームキット、DNAおよびRNA両方のキャプチャー用カスタムキットの完全なポートフォリオを提供します。

Freedom EVO NGSワークステーションでSureSelect XT Target Enrichment Systemを使用した48までのサンプルのパラレルプロセッシング用自動化プロトコルについて説明したアプリケーションノートをご覧になるには、こちらをクリックしてください。

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NimbleGen SeqCap EZライブラリ

Roche NimbleGenのSeqCap EZライブラリは、DNAシーケンシングライブラリからエクソーム全体または対象のカスタム領域の濃縮を可能にする溶液ベースのキャプチャーシステムです。SeqCap EZプロトコルは、Roche NimbleGenの仕様に従って、エクソームデザイン、遺伝子パネルおよびカスタムコンテンツデザインをカバーします。

NimbleGen SeqCap EZとKAPA™ HTPライブラリ調製をNimbleGen SeqCap Adapter Kits Aおよび/またはBと組み合わせるための自動化プロトコルについて説明したアプリケーションノートをご覧になるには、こちらをクリックしてください。プロトコルにより、96までのライブラリの調製と24までのライブラリツールのキャプチャーが可能になります。

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IonTorrent sequencing

Ion AmpliSeq™ライブラリ調製用検証済みの柔軟なプロトコル - Thermo Fisher Scientificと共同開発。

 

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Ion AmpliSeqライブラリおよびパネル

Ion AmpliSeqライブラリキット2.0では、シングルウェルでの12-25,000-plex PCR用NGSライブラリを素早く調製できます。

Freedom EVO NGSワークステーションでは、96までのサンプルの自動化されたライブラリ調製を10 ngのDNAまたはRNAを使用して6時間以内に実行できます。TouchToolsオペレーターインターフェースは、実作業時間とトレーニング要件を最小化し、プロトコル選択とワークテーブル設定の各段階でユーザーを導きます。

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Tab 03 / 適格なNGSプロトコル
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    NGS_Dreamprep-FreedomEvo_300x300

 

NGS_Dreamprep-Fluent_300x300

 

Supplier Kit Freedom EVO® NGS workstation DreamPrep™ NGS
Tecan
DNA-Seq Celero™ DNA-Seq    
  Celero™ EZ DNA-Seq    
  Ovation® Ultralow System V2    
RNA-Seq Universal Plus™ mRNA-Seq    
  Universal Plus Total RNA-Seq    
  Revelo™ RNA-Seq    
  Trio RNA-Seq™    
  Ovation SoLo RNA-Seq    
Targeted genotyping Allegro® Targeted Genotyping V2    
Targeted enrichment Celero™ EZ DNA-Seq and QIAseq SARSCoV- 2 Primer Panel for SARS-CoV-2 sequencing    
 
Illumina
DNA-Seq Illumina DNA Prep    
  Nextera XT    
  TruSeq® Nano DNA    
  TruSeq DNA PCR-Free    
RNA-Seq COVIDSeq Test (1 plate per run)  
Illumina qualification in progress
  COVIDSeq Test (2 plates per run)  
Illumina qualification in progress
  TruSeq RNA Exome    
  TruSeq Stranded mRNA    
  TruSeq Stranded Total RNA Library Prep (Human/Mouse/Rat)   Water tested
Forensics ForenSeq® DNA Signature Prep    
Targeted enrichment 16S Metagenomic Sequencing    
  Nextera DNA Exome    
  TruSight® Cancer    
  TruSight Cardio    
  TruSight Inherited Disease Sequencing Panel    
  TruSight Rapid Capture    
HLA typing TruSight HLA v2 Sequencing Panel    
 
New England Biolabs (NEB)
DNA-Seq NEBNext® Ultra™ II DNA    
RNA-Seq NEBNext Ultra II Directional RNA Poly(A) mRNA Isolation    
  NEBNext Ultra II Directional RNA rRNA depletion    
 
QIAGEN
DNA-Seq QIAseq® FX DNA    
RNA-Seq QIAseq Targeted RNA Panels    
Targeted enrichment QIAseq Targeted DNA Panels    
 
Roche
DNA-Seq KAPA® HyperPlus    
  KAPA HyperPrep    
  KAPA HTP Library Prep    
RNA-Seq KAPA RNA HyperPrep with RiboErase (HMR)    
  RNA HyperPrep with mRNA Capture    
 
Agilent
  SureSelect® QXT Target Enrichment    
  SureSelectXT Target Enrichment    
  Haloplex® HS Target Enrichment System    
 
Bioo Scientific
RNA-Seq NEXTflex® Small RNA-Seq Kit v3    
 
Thermo Fisher Scientific
Targeted enrichment Ion AmpliSeq® Library 2.0     
  Oncomine™ Comprehensive Assay v3M    
DNA-seq Ion Xpress™     
 
GenDx
HLA typing NGSgo® HLA typing     
 
Quantabio
DNA-seq sparQ® DNA library kit   Water tested
 
Twist and Celero
Targeted enrichment Human Core Exome   Water tested
 
Oxford Nanopore Technologies (ONT)
RNA-seq Midnight kit with ARTIC method for high-throughput SARS-CoV-2 sequencing   Water tested
 
Integrated DNA Technologies (IDT)
DNA-seq xGen™ cfDNA & FFPE DNA Library Preparation Kit   Water tested
  Lotus™ DNA Library Prep Kit   Water tested
  xGen™ NGS Hybridization Capture   Water tested
 

 Method qualified/verified by vendor1
 Method qualified/verified by Tecan1
 Method custom developed2

1) Automated method developed according to the kit vendor’s published protocol. Libraries prepared with these methods meet the kit vendor’s specifications and/or perform comparably to those prepared manually. Sequenced libraries were assessed either by the vendor (vendor qualified/verified) or by Tecan (Tecan qualified/verified).
2) Automated method developed according to specific customer need. Libraries tested by the customer.




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Tab 04 / フレキシブルなNGSサンプル調製
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信頼性の高い次世代シーケンシング用に高品質のライブラリを作製するために、適切に行わなければならないことが非常にたくさんあります。

Freedom EVO NGS workstation をベースにしたNGS サンプル調製の自動化は、スループットと再現性を向上します。TouchTools™のグラフィカルインターフェースにより、プロトコルの選択やワークテーブルのセットアップ等それぞれの手順をガイドします。

Freedom EVO NGS workstation

Freedom EVO NGS workstationは、革新的なエアディスプレースメントテクノロジーを備え、(1)1,000 µlから0.5 µlまでの精度の高いピペッティングを可能にする8ピペットチャンネルを使用します。ワークステーションには(2)3台のInheco CPAC装置(酵素反応のための温調機能付き)、(3)Inheco Thermoshake温度制御付きシェーカー、(4)96ポジションマグネティックプレートセパレーター(Alpaqua 96S Super Magnet Plate)および(5)効率的なビーズのクリーンアップのためのロボット搬送アーム(RoMaが含まれます。また、コンパクトなワークテーブルは、長時間の自動運転用に(6)12箱までのチップボックスを格納できるスペースを備えています。

正確度: Freedom EVOの精密な自動化は、検証済みプロトコルにより、高品質の結果に必要な再現性を確保します。

柔軟性:バッチ要件による制約を受けません。6、13、19、40または96のサンプルを処理する必要がある場合でも、必要な分の運転しか要しないため試薬を節約します。

簡便さ:自動化の専門家である必要はありません。タッチスクリーンインターフェースを使用するとすぐにスタートできます。すぐにランをセットアップし、ワークフローに自信が持てます。

Freedom EVO NGS workstation

TouchToolsオペレーターインターフェース

TouchToolsアプリケーションのスタート画面で、オペレーターはワンタッチで目的のプロトコルを選択できます。

ステップごとのユーザー指示は、作業テーブルのセットアップ中に潜在的なエラーを回避し、正しい初期条件を確保するのに役立ちます。選択確認画面には、分析開始前の最終チェックとして概要が表示されるため、ラボにいる誰もが機器を簡単に使用できます。

設置とサポート

Freedom EVO NGSワークステーションには、水質検査とユーザートレーニングを含め、設置時に利用可能な標準プロトコルの1つが提供されます。追加プロトコルは、いつでもインストール可能です。

Tecan Journal記事

ライデン大学メディカルセンターは、Freedom EVO® NGSワークステーションを分子診断検査および臨床研究ワークフローに統合しました。この構成済みのソリューションを活用してセンターは新しいプロトコルを開発し、研究を実施するための柔軟性を持ちながら、日常の検査用のプラットフォームを素早く委託できました。(本文は英語です)

ノースキャロライナ大学(UNC)は、Freedom EVO®ワークステーション上での次世代シーケンシング用の主なサンプル調製プロトコルを自動化し、より効率的な処理を可能にしています。(本文は英語です)

トゥールーズ近隣のGeTゲノム施設は、IlluminaのTruSeq® DNAおよびRNAキット、および2台のFreedom EVO®ワークステーション上のBioo ScientificのNEXTflex™ PCR-Free Modulesを含め、Tecanと共同で自動NGSシリーズを開発し、広範囲のプロジェクトのためにスループットと信頼性の向上に役立てています。(本文は英語です)




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Tab 05 / 品質管理用インテグレーション
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Sensitive and fast quantification

Infinite®F Nano+マルチモードリーダーは、1つのコンパクトな機器の中に吸光度と高感度の蛍光読み取りモードを提供します。 蛍光アッセイの高感度と、最大384ウェルのプレートフォーマットの読み取りを可能にする速度も兼ね備えています。

 

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NGSライブラリの定量化は、シーケンシングを成功させるための重要なステップです。 シーケンス可能な分子数を正確に測定することは、NovaSeqシステムなどの新しい大容量シーケンサーを使用する場合に非常に重要なことです。

Tecan NuQuant technology

Tecan NuQuant technology

Tecan NuQuant®は、フラグメントサイズに依らずライブラリーのモル濃度を正確に測定する新しいライブラリー定量法です。 この独自の方法では、ライブラリーの調製中にライブラリー分子に組み込まれる蛍光マーカーを使用します。NuQuantはライブラリのサイズに依存しないため、Infinite F Nano +マルチモードリーダーなどの蛍光プレートリーダーを使用してライブラリのモル濃度を直接測定できます。

Integrated library QC in less than six minutes

Infinite F Nano +プレートリーダーでのNuQuantライブラリーの定量化により、手動よるqPCRまたはキャピラリー電気泳動の工程が不要になり、時間、リソース、貴重なライブラリーサンプルを大幅に節約できます。

Fluent®オートメーションでの96ウェルプレートでDNAライブラリーを最終精製した後にワークステーション、ライブラリーおよびコントロールの蛍光は、Infiniteプレートリーダーで測定されます。 ライブラリごとに決定されたモル濃度は、イルミナの機器でのバランスの取れたプーリングとその後のシーケンスにも使用できます。

Other quantification assays

Other quantification assays

プレートリーダーのインテグレーション

DNA定量は、PicoGreen®またはQuantiFluor™などの蛍光染料でアリコートを測定すること、またはDNA全体のサンプルの吸光度を測定することで達成できます。DNA定量とノーマライゼーションワークフローには、以下のステップを含みます

  • 定量アッセイのセットアップ
  • リーダー内のDNA濃度の測定
  • 各ウェルの目標濃度を達成する希釈スキームの計算
  • 目的の濃度へのDNAサンプルの希釈
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Tab 06 / カタログ・資料
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研究用途向けです。 診断目的にはご使用いただけません。